Phần lớn quân đội Anh trở về Ấn Độ và để lại 8.000 người ở Afghanistan nhưng rõ ràng là sự cai trị của Shuja chỉ có thể được duy trì với sự hiện diện của một lực lượng mạnh hơn của Anh. Người Afghanistan phẫn nộ trước sự hiện diện của Anh và sự cai trị của Shah Shuja. Khi sự chiếm đóng kéo dài, sĩ quan chính trị đầu tiên của Công ty Đông Ấn William Hay Macnaghten đã cho phép binh lính của mình đưa gia đình đến Afghanistan để cải thiện tinh thần;[30] điều này càng khiến người Afghanistan tức giận vì có vẻ như người Anh đang thiết lập một sự chiếm đóng vĩnh viễn.[31] Macnaughten đã mua một biệt thự ở Kabul, nơi ông đã lắp cho vợ mình đèn chùm pha lê, một loại rượu vang Pháp hảo hạng và hàng trăm người hầu từ Ấn Độ.[27]] Macnaughten từng là một thẩm phán ở một thị trấn nhỏ ở Ulster trước khi quyết định rằng ông muốn nhiều hơn là cai trị một thị trấn nhỏ ở Ireland. Macnaughten được biết đến với phong thái kiêu ngạo, hách dịch và được cả Người Afghanistan và người Anh gọi là "Đặc sứ".[27] Vợ của một sĩ quan người Anh, Lady Florentia Sale đã tạo ra một khu vườn kiểu Anh tại nhà cô ở Kabul, nơi được nhiều người ngưỡng mộ. Vào tháng 8 năm 1841, con gái Alexadrina của cô đã kết hôn tại nhà Kabul của mình với Trung úy John Sturt của Công binh hoàng gia.[27] Các sĩ quan Anh đã tổ chức các cuộc đua ngựa, chơi cricket và trượt băng vào mùa đông trên các ao địa phương đóng băng và làm kinh ngạc những người Afghanistan chưa bao giờ nhìn thấy điều này trước đây.[27]

Hành vi tàn bạo của quân đội Anh đã xúc phạm rất nhiều đến các giá trị khắc khe của những người đàn ông Afghanistan, những người luôn không chấp nhận quan hệ tình dục trước hôn nhân và đặc biệt tức giận khi thấy những kẻ ngoại đạo Anh đưa phụ nữ của họ lên giường.[32] Trong lịch sử chính thức của mình, Ngài John William Kaye đã viết rằng ông buồn bã phải tuyên bố "có những sự thật phải được nói ra", cụ thể là có những "cám dỗ khó chịu nhất đã chống lại không được các sĩ quan Anh của chúng ta chống lại" khi những người phụ nữ mà hầu hết hấp dẫn và những người này sống ở các zenana (khu của phụ nữ Hồi giáo) "không sẵn lòng đến thăm khu của người Kitô giáo xa lạ".[32] Kaye đã viết vụ bê bối là "trần trụi, công khai, khét tiếng" khi các sĩ quan và binh sĩ Anh công khai có quan hệ tình dục với phụ nữ Afghanistan ở một quốc gia như Afghanistan. Nơi mà phụ nữ vẫn và thường xuyên bị giết trong các "hành quyết vì danh dự" vì nghi ngờ tham gia quan hệ tình dục trước hôn nhân được xem là mang lại tiếng xấu dành cho các thành viên nam trong gia đình họ, hầu hết đàn ông Afghanistan rất tức giận với những gì họ coi là một sự sỉ nhục quốc gia khi họ bị nghi ngờ về nhân cách.[33] Một ditty (bài hát ngắn) phổ biến trong quân đội Anh là: "Một người vợ Kabul dưới vỏ bọc burkha, Không bao giờ được ai biết đến ngoài tình nhân".[34] Một số trong những mối quan hệ này đã kết thúc bằng hôn nhân khi cháu gái của Dost Mohammad, Jahan Begum kết hôn với Đại úy Robert Warburton và một Trung úy Lynch kết hôn với em gái của một thủ lĩnh Ghilzai; thực tế là cả hai người phụ nữ đều rất xinh đẹp càng làm tăng thêm sự sỉ nhục của những người đàn ông Afghanistan, những người không thích nhìn thấy người phụ nữ của họ yêu những kẻ ngoại đạo.[34] Một quý tộc Afghanistan Mirza 'Ata đã viết: "Người Anh uống thứ rượu vô đạo vô liêm sỉ đã quên rằng bất kỳ hành động nào cũng có hậu quả và phần thưởng - vì vậy, sau một thời gian, khu vườn mùa xuân từ sự cai trị của nhà vua bị tàn phá bởi mùa thu của những sự kiện xấu xí này.... Các quý tộc phàn nàn với nhau: "Ngày qua ngày, chúng ta phải chịu đựng sự lừa gạt, dối trá và xấu hổ của người Anh. Phụ nữ Kabul sẽ sớm sinh ra những con khỉ lai - đó là một sự ô nhục! "".[35] Afghanistan là một quốc gia nghèo tuyệt vọng đến mức ngay cả tiền lương của một người Anh cũng được coi là một gia tài nhỏ. Nhiều phụ nữ Afghanistan sẵn sàng trở thành gái mại dâm như một cách dễ dàng để làm giàu cùng với sự giận dữ dữ dội của những người đàn ông của họ.[36] Sĩ quan chính trị thứ hai của Công ty Đông Ấn, Sir Alexander Burnes, đặc biệt được chú ý vì thói trăng hoa vô độ của ông ta và đã trở thành hình mẫu để những người của ông ta bắt chước.[33] 'Ata viết: "Burnes đặc biệt không biết xấu hổ. Trong khu vực riêng tư của mình, ông ta sẽ tắm cùng người tình Afghanistan trong dòng nước nóng của dục vọng và khoái cảm, khi hai người cọ xát nhau với những cơn vui sướng và sự thân mật. Hai memsahib, cũng là người yêu của anh ấy, sẽ tham gia cùng họ".[37] Trong tất cả các vấn đề của sự chiếm đóng của Anh, tình dục giữa phụ nữ Afghanistan và binh lính Anh khiến đàn ông Afghanistan tức giận nhất.[34]

Afghanistan không có quân đội, thay vào đó là một hệ thống phong kiến mà theo đó, các thủ lĩnh sẽ duy trì một số lượng người giữ vũ trang nhất định, chủ yếu là kỵ binh cùng với một số bộ lạc có thể được kêu gọi chiến đấu trong thời chiến; Khi Emir tham chiến, ông ta sẽ kêu gọi các thủ lĩnh của mình đưa người của họ đến chiến đấu vì ông ta.[38] Năm 1840, người Anh gây sức ép mạnh mẽ với Shuja để thay thế hệ thống phong kiến bằng một đội quân thường trực, điều này đe dọa sẽ làm mất quyền lực của các thủ lĩnh và Emir bác bỏ với lý do Afghanistan thiếu khả năng tài chính để tài trợ cho một đội quân thường trực.[39]

Dost Mohammad đã không thành công tấn công người Anh và người bảo trợ Afghanistan của họ là Shuja và sau đó đầu hàng và bị đày đến Ấn Độ vào cuối năm 1840. Năm 1839-40, toàn bộ lý do cho việc chiếm đóng Afghanistan đã bị thay đổi bởi Khủng hoảng phương Đông khi Mohammad Ali Đại đế, vali (thống đốc) của Ai Cập, một đồng minh thân cận của Pháp, đã nổi dậy chống lại Sublime Porte; Trong cuộc khủng hoảng sau đó, Nga và Anh hợp tác chống lại Pháp. Với sự cải thiện trong quan hệ Anh-Nga, nhu cầu về một quốc gia đệm ở Trung Á đã giảm.[40] Cuộc khủng hoảng phương Đông năm 1840 gần như đã gây ra một cuộc chiến tranh giữa Anh và Pháp, dẫn đến sự cạnh tranh lâu dài giữa Pháp và Nga do sự ghê tởm của Nikolai đối với Louis-Philippe như một kẻ phản bội sự nghiệp bảo hoàng. Điều đó đã cải thiện mối quan hệ giữa London và St. Petersburg và cuối cùng đã dẫn đến Hoàng đế Nikolai thực hiện một chuyến thăm hoàng gia tới London vào năm 1844 để gặp Nữ hoàng Victoria và Thủ tướng Huân tước Peel. Đầu năm 1838, Bá tước Karl Nesselrode, Bộ trưởng Ngoại giao Nga, đã đề nghị với Đại sứ Anh tại St. Petersburg, huân tước Clanricarde rằng Anh và Nga nên ký một hiệp ước phân định các phạm vi ảnh hưởng ở châu Á để chấm dứt "Trò chơi lớn" một lần và mãi mãi.[41] Đến năm 1840, Clanricarde đã báo cáo với Luân Đôn rằng ông hoàn toàn chắc chắn một thỏa thuận làm hài lòng đôi bên có thể được đàm phán và tất cả những gì ông cần là sự cho phép cần thiết từ Bộ Ngoại giao để bắt đầu đàm phán.[42] Từ Calcutta, huân tước Auckland miễn cưỡng chấp nhận lời đề nghị của Nga, đã viết "Tôi mong muốn một Hiệp ước ba bên kiểu phương Tây mà theo đó một giới hạn sẽ được đặt ra trước các bước tiến của Anh, Nga và Ba Tư và các bên sẽ tiếp tục đàn áp việc buôn bán nô lệ và nạn cướp bóc".[42] Mặc dù Anh từ chối lời đề nghị của Nga,nhưng kể từ sau năm 1840, sự cạnh tranh Anh-Nga đã giảm đi rõ rệt và một "mối quan hệ công bằng ở châu Á" đã phát triển.[42] Bộ trưởng Ngoại giao Anh, Huân tước Palmerston từ chối lời đề nghị chấm dứt "Trò chơi lớn" của Nga vì ông tin rằng chừng nào "Trò chơi lớn" còn tiếp diễn, Anh có thể quấy rối Nga ở châu Á để đạt được các mục tiêu chính sách đối ngoại của mình ở châu Âu nhiều hơn Nga có thể quấy rối Anh ở châu Á để đạt được các mục tiêu chính sách đối ngoại của mình ở châu Âu.[42] Palmerston cũng cho rằng vì người Anh có nhiều tiền hơn để mua chuộc những người cai trị địa phương ở Trung Á, điều này mang lại cho họ lợi thế trong "trò chơi" này. Vì thế tốt hơn là tiếp tục "Trò chơi lớn".[42] Palmerston tin rằng chính Anh mới là người nắm giữ lợi thế trong "Trò chơi lớn" và đề nghị của Nga nhằm phân chia phạm vi ảnh hưởng ở châu Á là một dấu hiệu của sự yếu kém và ông không muốn hiệp ước đó được ký kết.[42] Từ quan điểm của Palmerston, việc chấp nhận lời đề nghị của Nga sẽ không được chào đón vì sự kết thúc của "Trò chơi lớn" ở châu Á sẽ dẫn tới sự tái bố trí quyền lực của Nga tới châu Âu, nơi thực sự có giá trị đối với họ. Vì vậy, tốt hơn là giữ "Trò chơi lớn" tiếp tục, mặc dù với tốc độ giảm do căng thẳng với Pháp.[42] Đồng thời, việc giảm căng thẳng Anh-Nga vào những năm 1840 khiến cho việc giữ Afghanistan trở nên xa xỉ hơn từ quan điểm của Anh vì việc có một chính phủ thân thiện ở Kabul dường như không còn cần thiết nữa.[42]

Đến thời điểm này, người Anh đã rời khỏi pháo đài Bala Hissar và chuyển đến một doanh trại được xây dựng ở phía đông bắc Kabul. Vị trí được chọn là không thể phòng thủ được, thấp và có đầm lầy với những ngọn đồi ở mọi phía. Vấn đề tồi tệ hơn, các doanh trại là quá lớn so với số lượng quân đồn trú trong đó với vành đai phòng thủ dài gần hai dặm. Ngoài ra, các cửa hàng và quân nhu nằm trong một pháo đài riêng biệt, cách doanh trại chính 300 mét.[43] Chỉ huy người Anh, Thiếu tướng George Keith Ephinstone, người đến đây vào tháng 4 năm 1841, hầu hết thời gian bị bệnh gút và thấp khớp.[44]

Từ tháng 4 đến tháng 10 năm 1841, các bộ lạc Afghanistan không bị ảnh hưởng đã đổ xô đến hỗ trợ con trai của Dost Mohammad, Akbar Khan, ở Bamiyan và các khu vực khác phía bắc dãy núi Hindu Kush, được tổ chức thành một cuộc kháng chiến hiệu quả của các tù trưởng như Mir Masjidi Khan[45] và những người khác. Vào tháng 9 năm 1841, Macnaghten đã giảm các khoản trợ cấp được trả cho các thủ lĩnh bộ lạc Ghazi để đổi lấy việc chấp nhận Shuja làm Emir và để giữ cho các tuyến đường mở, ngay lập tức dẫn đến cuộc nổi loạn của những người Ghazi và một cuộc thánh chiến được tuyên bố.[46] Các khoản trợ cấp hàng tháng, được hối lộ một cách hiệu quả để các thủ lĩnh Ghazi giữ lòng trung thành, đã giảm từ 80.000 xuống còn 40.000 rupee trong thời điểm lạm phát tràn lan, và vì lòng trung thành của các thủ lĩnh hoàn toàn là vì tài chính, nên lời kêu gọi thánh chiến đã mạnh mẽ hơn.[46] Macnaughten ban đầu không coi trọng mối đe dọa này, viết thư cho Henry Rawlinson ở Kandahar vào ngày 7 tháng 10 năm 1841: "Bọn Đông Ghilzyes đang nhặng xị lên vì bị cắt bớt tiền. Bọn bất lương hiện đã hoàn toàn cắt đứt liên lạc và lúc này tôi đang rất bực mình. Chúng sẽ bị đánh bại một cách đau đớn. Một lần nữa, những kẻ kia sẽ tiếp tục là nguyên tắc của những kẻ lang thang này ".[47]

Macnaughten ra lệnh cho một cuộc viễn chinh. Vào ngày 10 tháng 10 năm 1841, quân Ghazi trong một cuộc đột kích ban đêm đã đánh bại Bộ binh Bản địa thứ ba mươi lăm, nhưng đã bị đánh bại vào ngày hôm sau bởi Khinh binh Thứ mười ba.[47] Sau thất bại của họ, phiến quân chạy trốn lên núi, Macnaughten đã liều lĩnh yêu cầu các tù trưởng nổi loạn gửi con đến triều đình của Shuja làm con tin để ngăn chặn một cuộc nổi loạn khác.[48] Vì Shuja có thói quen cắt xẻo những người làm ông ta khó chịu dù chỉ một chút, Macnaghten yêu cầu những đứa trẻ của các tù trưởng đến triều đình của Emir đã tạo nên nỗi kinh hoàng và khiến các thủ lĩnh Ghazi thề sẽ chiến đấu. Macnaghten, người vừa được bổ nhiệm làm thống đốc bang Bombay, đã bị giằng xé giữa mong muốn rời khỏi Afghanistan với tinh thần ổn định và hòa bình và mong muốn đè bẹp người Ghazi, khiến ông ta phải hòa hoãn, đe dọa những cuộc trả thù khắc nghiệt nhất và thời điểm tiếp theo, thỏa hiệp bằng cách từ bỏ yêu cầu con tin.[49] Chính sách đối đầu và thỏa hiệp xen kẽ của Macnaghten được coi là điểm yếu, điều này đã khuyến khích các thủ lĩnh quanh Kabul bắt đầu nổi loạn.[50] Shuja bị ghét đến nỗi nhiều bộ trưởng của ông và gia tộc Durrani đã tham gia cuộc nổi loạn.[49]

Vào đêm ngày 1 tháng 11 năm 1841, một nhóm các thủ lĩnh Afghanistan đã gặp nhau tại một ngôi nhà ở Kabul để lên kế hoạch cho cuộc nổi dậy, bắt đầu vào sáng ngày hôm sau.[47] Trong một tình huống dễ gây cháy, tia lửa vô tình gây ra bởi Burnes. Một cô gái nô lệ Kashmir, người thuộc về một thủ lĩnh người Pashtun, Abdullah Khan Achakzai sống ở Kabul đã bỏ trốn đến nhà của Burnes. Khi Ackakzai phái người tùy tùng của mình đi bắt cô, người ta phát hiện ra rằng Burnes đã đưa cô gái nô lệ lên giường của ông ta và ông ta đã bị một trong những người của Azkakzai đánh đập.[51] Một jirga bí mật (hội đồng) của các thủ lĩnh của người Pashtun đã được tổ chức để thảo luận về sự vi phạm pashtunwali này, Ackakzai cầm một cuốn kinh Koran trong tay và tuyên bố: "Bây giờ chúng ta có lý do để phá bỏ gông xiềng của bọn người Anh này; chúng đã vươn cánh tay bạo ngược để làm ô nhục những con người tốt và nhỏ bé: chơi một cô gái nô lệ không đáng để tắm theo nghi thức: nhưng chúng ta phải dừng lại ngay tại đây và bây giờ, nếu không những người Anh này sẽ cưỡi con lừa của họ vào lĩnh vực ngu ngốc, đến mức khiến tất cả chúng ta bị bắt và bị trục xuất khỏi đất nước này".[51] Kết thúc bài phát biểu đó, tất cả các thủ lĩnh đều hét lên "Jihad".[51]

Lady Sale đã viết trong nhật ký của mình vào ngày 2 tháng 11 năm 1841: "Sáng sớm hôm nay, tất cả đều hỗn loạn ở Kabul. Các cửa hàng bị cướp bóc và mọi người đánh nhau."[52] Cùng ngày đó, một đám đông "khát máu" xuất hiện bên ngoài ngôi nhà của sĩ quan chính trị thứ hai của Công ty Đông Ấn, Sir Alexander 'Sekundar' Burnes, nơi Burnes ra lệnh cho lính gác Ấn Độ của mình không nổ súng trong khi ông ta đứng bên ngoài hô hào giữa đám đông bằng tiếng Pashtun, cố gắng thuyết phục một cách thiếu thuyết phục những người đàn ông đang tụ tập rằng ông ta không lên giường với con gái hay chị em gái của họ.[53] Đại úy William Broadfoot, người cùng với Burnes nhìn thấy đám đông diễu hành về phía trước, khiến anh ta nổ súng với một sĩ quan khác viết trong nhật ký rằng ông ta "giết năm hoặc sáu người bằng tay của mình trước khi anh ta bị bắn hạ".[53] Đám đông đã đột nhập vào nhà của Burnes, nơi ông ta, anh trai Charles cùng vợ con của họ, một số lính Ấn đều bị xé thành từng mảnh.[53] Đám đông sau đó đã tấn công nhà của người phát lương Johnston dù ông không có mặt. Sau đó ông ta khảo sát phần còn lại của ngôi nhà và đã viết lại rằng họ "chiếm được kho bạc của tôi bằng cách phá hoại bức tường... Họ đã giết chết toàn bộ người bảo vệ (một sĩ quan và 28 lính Ấn), tất cả những người hầu của tôi (nam, nữ và trẻ em), đã cướp ngân khố... đốt tất cả tài liệu văn phòng của tôi... và sở hữu tất cả tài sản riêng của tôi ".[53] Các lực lượng Anh không có hành động đáp trả mặc dù chỉ cách đó có năm phút, điều này khuyến khích các cuộc nổi dậy tiếp theo.[53] Người duy nhất hành động vào ngày hôm đó là Shuja, người đã ra lệnh cho một trong những trung đoàn của anh ta từ Bala Hissar được chỉ huy bởi một lính đánh thuê Scotland tên là Campbell để phá tan cuộc bạo loạn, nhưng thành phố cổ Kabul với những con đường hẹp, ngoằn ngoèo thích hợp phòng thủ. Người của Campbell đến và trúng hỏa lực từ phiến quân trong những ngôi nhà ở trên.[54] Sau khi mất khoảng 200 người, Campbell rút lui về Bala Hissar.[55] Sau khi nghe về sự thất bại của trung đoàn của mình, Shuja rơi vào cái mà Kaye gọi là "tình trạng chán nản và báo động", chìm vào trạng thái trầm cảm khi cuối cùng ông ta nhận ra rằng người dân của mình ghét ông và muốn thấy ông chết.[55] Đại úy Sturt được Elphinstone gửi đến Bala Hissar để xem liệu có thể lấy lại quyền kiểm soát thành phố sau chiều hôm đó hay không, nơi mà bà mẹ vợ của ông, Lady Sale đã ghi chú trong nhật ký của mình: "Ngay khi ông ta bước vào khu vực cung điện, ông ta bị một thanh niên ăn mặc bảnh bao đâm ba nhát, ông ta trốn vào một tòa nhà gần đó và được bảo vệ bởi cánh cổng đóng kín. "[55] Sturt được gửi về nhà để được Lady Sale chăm sóc và Người vợ với lưu lý trước: "Anh ấy đầy máu trong miệng và không thể nói rõ. Anh ấy không thể nằm xuống, vì máu làm anh ta nghẹt thở", chỉ có khả năng vài giờ sau đó mới thốt ra một từ: "bet-ter" (tốt hơn rồi) [61] Lady Sale đã chỉ trích rất nhiều sự lãnh đạo của Elphinstone và viết: "Tướng Elphinstone lúc nào cũng do dự. Phán quyết của anh ta có vẻ tốt, nhưng anh ta luôn bị người nói cuối cùng làm dao động", chỉ trích ông ta vì "... một tình thế rất kỳ lạ mà quân đội Không được gửi ngay vào thành phố để dập tắt cuộc bạo loạn, chúng ta dường như ngồi lặng lẽ với hai bàn tay chắp lại và chỉ biết nhìn".."[55] Mặc dù cả hai đều ở trong doanh trại, Elphinstone thích viết thư cho Macnaughten, với một lá thư vào ngày 2 tháng 11 nói rằng "Tôi đã xem xét những gì có thể làm vào ngày mai" (ông ta quyết định không làm gì vào ngày hôm đó), nói rằng "tình thế khó xử của chúng ta là một điều khó khăn", và cuối cùng kết luận "Chúng ta phải xem những gì buổi sáng mang lại"[56] Tình hình quân Anh sớm xấu đi khi người Afghanistan xông vào pháo đài quân nhu được bảo vệ kém ở Kabul ngày 9 tháng 11.

Trong những tuần tiếp theo, các chỉ huy người Anh đã cố gắng đàm phán với Akbar Khan. Macnaghten đã bí mật đề nghị Akbar làm Wazir Afghanistan đổi lấy việc cho phép người Anh ở lại đồng thời dùng một số tiền lớn để ám sát ông. Điều này đã được báo cáo cho Akbar Khan. Một cuộc họp để đàm phán trực tiếp giữa Macnaghten và Akbar đã được tổ chức gần doanh trại vào ngày 23 tháng 12, nhưng Macnaghten và ba sĩ quan đi cùng đã bị Akbar Khan bắt và giết. Thi thể của Macnaghten đã bị kéo lê trên đường phố Kabul và được bêu ở chợ. Elphinstone đã mất một phần chỉ huy quân đội và quyền lực của ông đã bị tổn hại nặng nề.